A kis, nem kódoló RNS-ek (mikro(mi)RNS-ek) által szabályozott génszabályozási hálózat, melyet napjainkban fedeztek fel, egy új, nélkülözhetetlen szabályozási szintet képvisel, mely a már expresszált mRNS-ek aktivitását befolyásolja. Az mRNS-ek miRNS-ek által közvetített regulációja létfontosságú mind a növények, mind az állatok fejlődési folyamataiban. Munkánk során mélyszekvenálással kívánjuk vizsgálni különböző Capsicum annum (paprika) fajták (ősi, primitív és modern, gazdaságilag fontos) különböző szöveteinek komplex mRNS és miRNS profilját. A mélyszekvenálási módszer lehetővé teszi, hogy egyszerre több százezer expresszáló RNS molekulát (mRNS és miRNS) vizsgáljunk, így reprezentatív adatot kaphatunk a vizsgált szövetre. Különböző minták genom szintű analízise és szisztematikus összehasonlítása lehetővé teszi, hogy azonosítsunk olyan fontos mRNS-eket és/vagy miRNS-eket, melyek fontos szerepet játszanak a paprika fejlődésében. A miRNS-ek és target mRNS-eik legmodernebb molekuláris biológiai módszerekkel való vizsgálata bizonyítja majd a vizsgált RNS-ek biológiai fontosságát. A tervezett kísérletek fontos, paprika specifikus miRNS-ek és a vad típusú jelleg modern, gazdaságilag fontos jelleggé ( pl. termés méret) válása során megváltozott mRNS – miRNS profilok azonosítását eredményezhetik. A paprika nagyon jelentős haszonnövény Magyarországon (“hungarikum”), így fontos, hogy nemesítését a modern genomikai megközelítések felhasználásával is végezzük.