Thesis supervisor: András Szilágyi
Location of studies (in Hungarian): MTA TTK Enzimológiai Intézet Abbreviation of location of studies: MTA
Description of the research topic:
Az élő szervezet legfontosabb molekuláinak, a fehérjéknek a viselkedését egy absztrakt, sokdimenziós térben definiált energiafelszínnel írhatjuk le. Minden fehérje működőképes formájához egy bonyolult, magas hegyekkel és mély völgyekkel jellemezhető szabadenergia-hiperfelszín tartozik. A fehérjék működésének jobb megértéséhez és új felismerésekhez vezethet el, ha azt az energiafelszínen történő vándorlás formájában írjuk le. Kutatásunk célja ezeknek az energiafelszíneknek a feltárása számos fehérjecsoport esetében. Ennek során meg szeretnénk határozni, mik a főbb jellemzői ezeknek az energiafelszíneknek, és mi határozza meg e jellemzőket. A fehérjemolekula, bár általában egy meghatározott háromdimenziós szerkezettel rendelkezik, ez a hőmozgás során állandóan fluktuál. E szerkezeti dinamika természetét érthetjük meg az energiafelszín feltárásával.
A kutatás során az energiafelszínek vizsgálatán alapuló megközelítést több speciális fehérjecsoportra terjesztjük ki: 1. Az allosztérikus fehérjék speciális tulajdonsága, hogy ha egy bizonyos helyen egy másik molekula kötődik hozzájuk, ez a teljes fehérjében szerkezeti és/vagy dinamikai változást okoz. 2. A szabályozásban és a jelátvitelben szerepet játszó fehérjék esetében különösen fontosak az említett szerkezeti változások. 3. A rendezetlen fehérjéket, ill. ezek más fehérjékhez való kötődése során lejátszódó folyamatokat is kutatásunk tárgyává tesszük.
A kutatás bioinformatikai módszerekkel történik, a fehérjemolekulákat különféle számítógépes módszerekkel modellezzük és vizsgáljuk. Ezek közé tartozik a különböző felbontású modellek dinamikai szimulációja, ill. a szimulációk eredményeinek elemzése különféle matematikai módszerekkel.
Szoros együttműködésben dolgozunk kísérleti munkát is végző csoportokkal. A kutatás során előnyben részesítjük azokat a fehérjéket, amelyeket az Enzimológiai Intézetben kísérletesen is tanulmányoznak, így a kísérleti és az elméleti munka egymásra építhet.
A kutatás OTKA támogatással folyik, melyből ösztöndíj folyósítására is van lehetőség.
Required language skills: angol Further requirements: Fehérjék szerkezetének alapszintű ismerete, alapszintű programozási tudás, fogékonyság az elméleti megközelítésekre (matematikai módszerek, fizikai szemlélet).
Number of students who can be accepted: 1
Deadline for application: 2014-11-27
2024. IV. 17. ODT ülés Az ODT következő ülésére 2024. június 14-én, pénteken 10.00 órakor kerül sor a Semmelweis Egyetem Szenátusi termében (Bp. Üllői út 26. I. emelet).
Login
