 Sűrűség funkcionálok alkalmazása biomolekulákra és azok gyenge kölcsönhatásaira THESIS TOPIC PROPOSAL Institute: Budapest University of Technology and Economics chemistry George A. Olah Doctoral School of Chemistry and Chemical Technology Thesis supervisor: Gábor Csonka Location of studies (in Hungarian): BME Abbreviation of location of studies: CH Description of the research topic: Sűrűség funkcionálok alkalmazása nagyobb biomolekulák esetében, konformáció tér meghatározás, ill. energiafelület számítások elsősorban cukor és glikopeptid modellvegyületek esetében. Különös hangsúly van az intermolekuláris gyenge kölcsönhatások helyes leírásán. 1995-ben Csizmadia Imre professzorral együtt kezdett kutatási témám: a szaharidok és glikopeptidek energia hiperfelületének vizsgálata, amelyet az OTKA támogatott jelentős eredményekhez vezetett és nemzetközi visszhangot váltott ki. A téma érdekességét az adja, hogy a legújabb kutatási eredmények szerint a szervezetben az immunrendszer felismerő képessége – amellyel az idegen sejteket megkülönbözteti a saját sejtektől – több esetben bizonyítottan speciális glikoproteinek kötödésével magyarázható. Ezzel kapcsolatban két kérdés merül fel, az egyik, hogy a cukor rész hogyan kódolja az információt és ez a kódolási mechanizmus milyen módon működik. A másik kérdés az az, hogy amikor egy cukor antenna a fehérje felületéhez kötődik milyen orientációt vesz fel. A kísérleti adatok szerint, csak meghatározott monoszaharidok meghatározott anomerjei kötődhetnek pl. a fehérje szerin egységéhez. Ez a kötődés meghatározhatja a cukor antenna irányát. A téma keretében nagy pontosságú módszerekkel határozzuk meg egyes monoszaharidok konformációs terét is. A szükséges számítógépprogramok rendelkezésre állnak. A kutatást kiterjesztjük biomolekulák gyenge kölcsönhatásainak tanulmányozására is. Figyelemebe vesszük az molekulán belüli és a molekulák közötti gyenge kölcsönhatásokat is. Number of students who can be accepted: 1 Deadline for application: 2013-01-15 |