Login
 Forum
 
 
Thesis topic proposal
 
Dinamikai mintázatok szerepe a fehérjék evolúciójában

THESIS TOPIC PROPOSAL

Institute: University of Debrecen
theoretical medicine
Doctoral School of Molecular Cellular and Immune Biology

Thesis supervisor: Mónika Fuxreiter
Location of studies: Debreceni Egyetem, Általános Orvostudományi Kar
Abbreviation of location of studies: DEÁOK


Description of the research topic:

A fehérjék evolúcióját vizsgáló szekvenciaillesztő módszerek magas aminosavsorrendbeli hasonlósági arányt, míg a szerkezetekre épülő módszerek jól meghatározható harmadlagos struktúrát követelnek meg. A lazán pakolt régiók is gyakran funkcionálisan fontosak, azonban illesztésük mindkét módszerrel problematikus. A fehérjék szekvenciális kompozíciója összefügg a rendezettségükkel, dinamikai mintázataik (Patterns Of Dynamics; POD-k) pedig az elsődleges szekvenciából jósolhatóak. A POD-k a szerkezet alacsony felbontású leírását teszik lehetővé a lokális dinamika változásain keresztül. Elemzésük alkalmas lehet a rendezetlen régiók rokonsági kapcsolatainak elemzésére, valamint kombinálható többszörös szekvenciaillesztéssel is. Terveim között szerepel egy illesztő algoritmus kidolgozása, mely alacsony szekvenciális hasonlóságú rokon fehérjék esetén is hatékonyan kimutathatja a funkcionális kapcsolatot. Célom tehát az alacsony felbontású dinamikai mintázatok széles körű elemzése és alkalmazása szerkezeti, funkcionális és evolúciós kapcsolatok vizsgálatára.

Number of students who can be accepted: 1

Deadline for application: 2017-01-15

 
All rights reserved © 2007, Hungarian Doctoral Council. Doctoral Council registration number at commissioner for data protection: 02003/0001. Program version: 1.2318 ( 2016. XI. 26. )