Login
 Forum
 
 
Thesis topic proposal
 
Új generációs szekvenálási technológiák alkalmazása a hormonális rendszer vizsgálatában

THESIS TOPIC PROPOSAL

Institute: Semmelweis University, Budapest
clinical medicine
Doctoral School of Clinical Medicine

Thesis supervisor: Attila Patócs
Location of studies: SE II. sz. Belgyógyászati Klinika
Abbreviation of location of studies: SE


Description of the research topic:

A molekuláris vizsgálómódszerek robbanásszerű fejlődése lehetővé teszi egy – egy kandidáns gén helyett a teljes genom vizsgálatát. A lehetőségek technikai háttere biztosított, de az eredmények értlemezése azoknak a napi gyakorlatba történő átültetése még tisztázásra vár. Munkacsoportunk már több mint 15 éve foglalkozik a monogénes endokrin kórképek genetikai vizsgálatával. Számos tumorszindróma esetében sikerült beazonosítani a hazai betegpopulációt is. A főbb betegségek, amelyek hátterében genetikai hibákat azonosítottunk a medulláris pajzsmirigy carcinóma (RET protoonkogén mutációk), phaeochromocytóma (RET, VHL, SDHB, TMEM127 mutációk), hyperparathyreozis (RET) és mellékvesekéreg daganat (PRKA1A mutáció). Ezen daganatok számos esetben együtt fordulnak elő és alkotják a familiáris tumorrszindrómákat (Multiplex Endokrin Neoplazis 1-es és 2-es típusa, von Hippel-Lindau szindróma, Carney komplex, örökletes Paochromocytoma/Paraganglióma szindróma). Bár az esetek több mint 90 %-ában azonosítottuk a felelős génhibát, a családokban jelentkező pheotípus heterogenitás arra utal, hogy egyéb genetikai módosító faktorok is szerepet játszanak a klinikai kép megjelenítésében.

Jelen PhD téma elsődleges célkitűzése olyan genetikai eltérések azonosítása, amelyek genetikai módosító faktorok lehetnek egy- egy ilyen szindrómában.

Munkacsoportunkban lehetőség nyílt egy bioinformatikai munkacsoport kialakítására, a munkához szükséges infrastruktura pályázati támogatásból megvalósult. Lehetőségünk van az ún. új generációs szekvenálási adatok feldolgozására, értelmezésére. Rendelkezésünkre áll egy bioinformatikai szerver, amit 7 drb IBM HS21 Blade típusú computer alkot (összesen 56-magos processzor kapacitással). A szoftwarek közül a genom szekvenálási adatokat Crema, AMAP és CLCbio Genomics Workbench programokkal dolgozzuk fel.

Munkacsoportunkban kiemelt kutatási irányt jelent a mikroRNS-hez kapcsolódó génregulációs folyamatok vizsgálata. Mellékvese és hypophysis daganatok vizsgálatával igazoltuk a mikroRNS-ek szerepét ezekben a daganatokban. Számos teljes genomos expressziós analízist végeztünk. Jelen téma egyik célkitűzése az új generciór szekvenálással meghatározott mikroRNS mintázat összevetése ezekkel a korábbi adatokkal, annak érdekében, hogy azonosítsuk a molekuláris pathológiai diagnosztikához legalkalmasabb módszert.
A mikroRNS-ek funkcionális hatásának vizsgálatával bővebb információkat nyerünk az endokrin daganatokban zajló folyamatokról is. Célkitűzésünk között szerepel a vérből kimutatható mikroRNS-ek endokrin betegségekben betöltött diagnosztikai és prognosztikai szerepének vizsgálata. Számos mikroRNS expressziója hormonok által szabályozott. A kutatás során a glükokortikoid jelátvitelben szerepet játszó mikroRNS-eket kívánjuk beazonosítani ezen új technológiák alkalmazásával.

Célkitűzés:
• A RET protoonkogén, a vhl tumorszuppresszor és a szukcinát dehidrogenáz (SDHB, SDHC és SDHD) talaján kialakult szindrómákban genetikai módosító faktorok beazonosítása
• mikroRNS-ek vizsgálata teljes genom szekvenálással, platform összehasonlítás
• genetikai és epigenetikai biomarker azonosítás az endokrin rendszert érintő megbetegedésekben
• hormonok szabályozása alatt álló mikroRNS beazonosítása

Kutatás módszere, munkaterv
- sporadikus phaeochromocytómákban a RET, vhl, SDHx gén mutációkat hordozó egyenes-ági rokonok teljes genom reszekvenálása (SOLID vagy Roche rendszeren) a betegek perifériás vérmintájából izolált genomiális DNS felhasználásával
- azonosított génvariánsok bioinformatikai szűrése majd molekuláris biológiai módszerekkel történő vizsgálata egészséges és beteg populációkban
- tumorszövetekből izolált RNS felhasználásával a fentebb ismertetett géneket célzó mikroRNS-k vizsgálata teljes genom szekvenálással
- a szteroid hatásra változó mikorRNS-ek kimutatása
- a napszaki ritmusban esetlegesen szerepet játszó mikroRNS-ek felderítése

Number of students who can be accepted: 3

Deadline for application: 2016-10-31

 
All rights reserved © 2007, Hungarian Doctoral Council. Doctoral Council registration number at commissioner for data protection: 02003/0001. Program version: 1.2318 ( 2016. XI. 26. )